文件介绍三：top和itp（补充）

1 添加和定义原子信息在 GROMACS .top 文件中的方法

在 GROMACS 中，.top 文件用于定义整个模拟系统的拓扑，包括分子、原子、键、角度、二面角等信息。对于使用自定义原子类型或力场参数时，通常需要在 .top 文件中进行相应的定义。如果某些原子类型在已安装的力场中没有相关的参数，你需要手动添加这些参数。

在 .top 文件中，添加自定义原子类型及力场参数的常见方法是使用 #include 命令将 .itp 文件包含进来。你也可以直接在 .top 文件内定义原子类型和其他相关参数。

方法一：修改系统文件（不推荐）

直接在 GROMACS 力场的安装目录下修改力场文件（如 atomtypes.atp 或 ffnonbonded.itp），虽然能添加自定义的原子类型，但这种方式不方便管理和更新，且可能会导致系统其他部分的混乱。

方法二：直接在 .top 文件中定义（推荐）

更推荐的做法是直接在 .top 文件中定义所需的原子类型和相关参数。这可以确保你在每次模拟中都能确保一致性，并且不依赖于 GROMACS 安装目录下的系统文件。

示例：在 .top 文件中添加自定义原子类型

[ defaults ]
; nbfunc comb-rule gen-pairs fudgeLJ fudgeQQ
1 2 yes 0.5 0.8333

[ atomtypes ]
; name        bond_type     mass       charge    ptype  sigma        epsilon
; water (SPCE)
OW            8             15.9994    0.0000    A      0.316557     0.650629
HW            1             1.0080     0.0000    A      0.000000     0.000000

; Metal-Organic Framework (MOF)
UF_Zn         30            65.377783  0.000000  A      0.2461553E-01 0.5188160E-01
o             8             15.999405  0.000000  A      0.2959922E-01 0.8786400E-01
c             6             12.010736  0.000000  A      0.3399670E-01 0.3598240E-01
h1            1             1.007941   0.000000  A      0.2471353E-01 0.0656880E-02

[ nonbond_params ]
; i   j   func   c6            c12
O    O    1      0.0022619536  1e-06
OM   O    1      0.0022619536  7.4149321e-07
OA   O    1      0.0022619536  1.505529e-06

[ moleculetype ]
; name nrexcl
MOF 3

.............

解释：

• [ defaults ] 部分：该部分定义了计算中的一些默认参数，如非键合相互作用的计算方法（nbfunc），组合规则（comb-rule），以及是否生成配对信息（gen-pairs）。
• [ atomtypes ] 部分：atomtypes 列出了每种原子类型的详细信息。每行定义一个原子类型，通常包括原子的名称、质量、电荷、类型（如 A 表示原子，G 表示电荷群体）、Lennard-Jones 参数（sigma 和 epsilon）等。
• [ nonbond_params ] 部分：这部分定义了非键合相互作用的参数（如C6、C12），用于描述原子之间的Lennard-Jones相互作用。

 

 

额外注意事项

• 先定义[ atomtypes ]的信息，在定义[ moleculetype ]