文件介绍二：gromacs安装目录下的文件介绍

1 安装目录下的力场文件

• 在win系统下，如果使用的是已经编译好的安装包路径如下

gmx2020.6_AVX2_CUDA_win64\gmx2020.6_GPU\share\gromacs\top

在linux系统中，通常如下：

/usr/share/gromacs/top
/usr/local/share/gromacs/top

2 top文件下的文件

(1) 力场文件夹以及其他力场的添加

1. amber99sb.ff
   >AMBER 99SB 力场，包括蛋白质和其他生物分子模拟参数。
2. charmm27.ff
   >CHARMM27 力场，适合蛋白质、DNA 和脂质模拟。
3. gromos54a7.ff
   >GROMOS 54a7 力场，适用于蛋白质和小分子模拟。
4. oplsaa.ff
   >OPLS-AA 力场，广泛应用于有机分子和蛋白质模拟。

注意：这写.ff结尾的文件夹就是使用的力场，每个文件夹下就是各个力场的原子的力场参数。具体选用那个建议参考文献

如果需要添加其他力场，例如chramm36，前往官网中下载gromacs对应格式的chramm36文件，将其添加到此目录下即可

(2) residuetypes.dat 文件介绍

residuetypes.dat 是 GROMACS 力场文件夹（通常位于 share/gromacs/top 下）中的重要文件之一，用于定义分子动力学模拟中残基类型的信息。该文件帮助 GROMACS 将残基分类为特定类型，如蛋白质、DNA、RNA 或溶剂等。

注：这个就是运行pdb2gmx时，根据坐标文件中的残基信息，来这个文件中查找。在自己编写残基时，需要在这填入残基。

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文件作用

1. 残基类型分类
   根据化学特性和生物学背景，将分子残基分为以下类型：
   • Protein：蛋白质残基。
   • DNA：DNA 残基。
   • RNA：RNA 残基。
   • Water：水分子（如 TIP3P、SPC/E 等）。
   • Ion：离子（如 Na+, Cl- 等）。
   • Lipid：脂质分子。
   • Other：其他未分类的残基。
2. 辅助分子分组
   在拓扑生成和模拟准备过程中（例如通过 gmx pdb2gmx），residuetypes.dat 被用于：
   • 正确识别和分类输入文件（如 PDB 文件）中的残基类型。
   • 决定如何处理不同类型的残基。

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文件格式

文件由多行文本组成，每行包含两列：
– 第一列：残基名称（Residue Name）。
– 第二列：残基类型（Residue Type）。

示例内容：

ALA     Protein
ARG     Protein
SOL     Water
NA      Ion
CL      Ion
DT      DNA

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如何修改

1. 备份原始文件
   修改前请先备份文件，以免影响默认力场行为：

   cp residuetypes.dat residuetypes.dat.bak
   

2. 添加新残基
   如果添加新的分子类型（如自定义残基），可在文件末尾追加一行：

   LIG     Other
   

3. 保存并测试
   修改后保存文件，使用相关命令（如 gmx pdb2gmx）确认新残基是否被正确识别。

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注意事项

• 一致性：修改此文件时，确保残基名称与拓扑文件（如 .rtp 文件）中的定义一致。
• 软件版本兼容：不同版本的 GROMACS 中，此文件的默认内容可能有所不同。确保修改后的文件与当前力场匹配。
• 影响范围：此文件的修改可能影响力场拓扑生成，但不会直接影响模拟参数。

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3 spc和tip4p等

这些是不同的水分子模型，包含itp以及gro文件，如何选用参考文献。

此目录下，本人所使用的文件涉及到这三类文件，其他文件设计较少。此目录下其他文件后续会继续添加。