GROMACS 预编译版本使用教程（Windows）

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1. 下载预编译的 GROMACS

1. 下载地址

   这里几个版本，都是Sobereva老师编译好的原文链接 gromacas

   也可以直接从网盘直接下载

   • 通过百度网盘分享的文件：groamcs win预编译包
     链接：https://pan.baidu.com/s/1StMWz1N_YirsGKsJSvAW7A?pwd=v0rb
     提取码：v0rb

注意：这种方法可能会报错，这和电脑系统有关，这几个版本都可以换着试试，19年版本，本人在很多电脑上使用都没问题。

2. 解压文件
   • 将下载的压缩包解压到一个合适的位置，例如：

     D:\GROMACS
     

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2. 配置环境变量

为了方便在命令行中使用 gmx 命令，需要将 GROMACS 的 bin 目录添加到系统环境变量中。

步骤：

1. 打开环境变量设置：
   • 右键点击 “此电脑” > “属性” > “高级系统设置” > “环境变量”。
2. 添加路径：
   • 在 系统变量 中找到 Path，点击 编辑。
   • 点击 新建，输入 GROMACS 的 bin 目录路径，例如：

     C:\GROMACS\bin
     

3. 保存设置：
   • 点击 确定 保存所有设置。
4. 验证环境变量：
   • 打开命令提示符，使用win+r键，输入（cmd），运行以下命令：

     gmx --version
     

   • 如果输出 GROMACS 的版本信息，则配置成功。

到这一步，显示输出信息，基本可以用了

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3. 使用 GROMACS

常用命令：

1. 初始化 GROMACS 环境

在 Windows 下，预编译版本可能需要初始化环境（仅限某些安装方式）。运行以下命令：

gmx

如果能直接看到 GROMACS 帮助信息，则无需其他操作。

2. 检查 GPU 支持

验证 GROMACS 是否正确识别 GPU：

gmx mdrun -h

查看输出中是否有 CUDA 相关选项，例如 -gpu_id。

注意：调用gpu的命令本人未使用，可能会有问题，模拟计算对gpu的支持性不会太高，性能会有所下降，也可以接受。需要学习win系统的cmd操作。