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GROMACS NVT 模拟的 .mdp 文件介绍 在分子动力学模拟中，NVT（恒体积恒温）模拟是一种常见的模拟类型，主要用于维持系统的温度，并在恒定体积下进行模拟。在 ...

GROMACS 能量最小化 .mdp 文件的介绍和使用 在 GROMACS 中，能量最小化（Energy Minimization）是分子模拟中非常重要的一步，它的目的是通过减少系统的势能，...

1 添加和定义原子信息在 GROMACS .top 文件中的方法 在 GROMACS 中，.top 文件用于定义整个模拟系统的拓扑，包括分子、原子、键、角度、二面角等信息。对于使...

TOP 和 ITP 文件介绍 在分子动力学模拟（如 GROMACS）中，TOP 文件和ITP 文件是描述力场参数和分子拓扑结构的关键文件。它们分别用于定义全局和局部的拓扑信...

1 安装目录下的力场文件 在win系统下，如果使用的是已经编译好的安装包路径如下 gmx2020.6_AVX2_CUDA_win64\gmx2020.6_GPU\share\gromacs\top 在linux...

告知： 个人理解不能保证全部正确，如有问题请联系本人，加以改正。 概念一：分子动力学模拟 分子动力学，是描述个各个原子在力场作用下的运动。 常规的动...

在分子模拟中，gro 和 pdb 文件是两种常见的分子结构文件格式，它们用于存储分子结构的原子坐标、化学信息和拓扑结构。下面是它们的简要介绍： 1. GRO 文件...

GROMACS ：Lysozyme in Water 1. 准备工作 首先，确保你已经安装了 GROMACS 并且能够正常运行它。本教程的目标是模拟溶于水的溶菌酶（Lysozyme）。我们将通...

GROMACS 预编译版本使用教程（Windows） 1. 下载预编译的 GROMACS 下载地址 这里几个版本，都是Sobereva老师编译好的原文链接 gromacas 也可以直接从...

GROMACS 原生 Windows 版编译安装步骤（支持 GPU 加速） 以下是 GROMACS 原生 Windows 版的编译安装方法，包括 GPU 加速支持。 1. 准备环境 所需工具 ...

关于GROMACS的安装通常有一下几种方法： GROMACS 安装方法 1. Windows 系统下的 GROMACS 安装（性能或多或少低于linux系统） 在 Windows 系统下，可以通过...