学术

GROMACS NVT 模拟的 .mdp 文件介绍 在分子动力学模拟中，NVT（恒体积恒温）模拟是一种常见的模拟类型，主要用于维持系统的温度，并在恒定体积下进行模拟。在 ...

GROMACS 能量最小化 .mdp 文件的介绍和使用 在 GROMACS 中，能量最小化（Energy Minimization）是分子模拟中非常重要的一步，它的目的是通过减少系统的势能，...

1 添加和定义原子信息在 GROMACS .top 文件中的方法 在 GROMACS 中，.top 文件用于定义整个模拟系统的拓扑，包括分子、原子、键、角度、二面角等信息。对于使...

我们从平衡常数 K 与温度 T 之间的关系出发，推导出以下公式： ln K = A + B / T + C ln(T) + D T 这个公式通常用于描述热力学中平衡常数与温度之间的关系，...

TOP 和 ITP 文件介绍 在分子动力学模拟（如 GROMACS）中，TOP 文件和ITP 文件是描述力场参数和分子拓扑结构的关键文件。它们分别用于定义全局和局部的拓扑信...

1. 模型简介 LHHW 模型是多相催化反应动力学中的经典模型，用于描述催化剂表面吸附、反应和解吸的过程。其核心思想是结合朗缪尔吸附等温线，考虑表面反应的速...

朗缪尔吸附等温线的推导 1. 基本假设 朗缪尔吸附等温线基于以下假设： 吸附发生在固体表面单层上，不会发生多层吸附。 吸附位点数量有限，并且每个...

1 安装目录下的力场文件 在win系统下，如果使用的是已经编译好的安装包路径如下 gmx2020.6_AVX2_CUDA_win64\gmx2020.6_GPU\share\gromacs\top 在linux...

告知： 个人理解不能保证全部正确，如有问题请联系本人，加以改正。 概念一：分子动力学模拟 分子动力学，是描述个各个原子在力场作用下的运动。 常规的动...

在分子模拟中，gro 和 pdb 文件是两种常见的分子结构文件格式，它们用于存储分子结构的原子坐标、化学信息和拓扑结构。下面是它们的简要介绍： 1. GRO 文件...

GROMACS ：Lysozyme in Water 1. 准备工作 首先，确保你已经安装了 GROMACS 并且能够正常运行它。本教程的目标是模拟溶于水的溶菌酶（Lysozyme）。我们将通...

GROMACS 预编译版本使用教程（Windows） 1. 下载预编译的 GROMACS 下载地址 这里几个版本，都是Sobereva老师编译好的原文链接 gromacas 也可以直接从...